Le 24 juillet 2025, la FNCC était entendue par la Cour des comptes en amont d’une enquête sur les conservatoires classés. La Fédération était représentée par Jean-Philippe Lefèvre, président de la FNCC, Jean-Yves Fouqueray, conseiller municipal de Séné et Hervé Guignier, conseiller municipal de Poigny-La-Forêt. Ils ont notamment pu dresser un bilan du fonctionnement de ces institutions, de leur financement par les collectivités territoriales et du Schéma national d’orientation pédagogique de l’enseignement public spécialisé de la danse, de la musique et du théâtre (SNOP). Pour rappel, la FNCC a publié un communiqué le 2 juillet pour dénoncer les baisses de crédits.